故事背景描述出生於土御門家的少年-土御門春虎所發生的周圍事件。我願意成為妳的式神，一直在你身邊，永遠保護你很久以前，年幼的男孩對著女孩定下約定，在他還不知道「將來」的意義之前─過去大戰時期，日本帝國陸軍為將咒術運用在軍事上而重新建立陰陽寮，並派任傳說中陰陽師安倍晴明的後裔，土御門家當家的天才陰陽師土御門夜光擔任統領，成功締造日本咒術界的改革，成為現代咒術之父。大戰末期，處於敗勢的帝國陸軍要求夜光實行大規模咒術儀式以挽回局勢，但結果儀式失敗，不只做為執行者的夜光身亡，還強烈的擾亂首都東京的靈氣，使東京百鬼夜行、妖魅縱橫。直到了戰後了戰後陰陽寮改名陰陽廳，負責處理日本各地－主要是東京－發生的靈力災害。土御門春虎是個出生土御門家的少年，雖身為陰陽師名門後代，卻毫無陰陽師才能可言，過著一般人的生活。某年夏天，春虎遇見了他的童年玩伴，也是土御門家的下任當家的少女夏目。過去曾允下承諾如今卻分道而行的兩人，在此刻相見之後，土御門的歷史開始轉動了，逐漸開始將他引領向了過去所見到的未來是充滿了曲折的「未來」，在黑暗中飄舞的烏鴉們，超越時空的陰與陽的幻想！