故事发生在虚构的城市空崎市,在那里,存在着一支由身手矫健的少女们所组成的特工组织“月影”,每天入夜,少女们的身影便会在月亮的映照下穿梭在城市的角角落落,守护这座城市与市民们的安全。犯罪组织“魍魉”一直
在每一个角落都被探索完毕的世界中,唯一残留的秘境——大洞穴“阿比斯”。不知道延续到何方,深不见底的巨大纵向洞穴,栖息着奇妙奇怪的生物们,沉眠着现在的人类无法制造的贵重遗物。“阿比斯”那充满了不可思议的
成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣,变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗?2012年《福音战士新剧场版:Q》之后,这部动画讲述了被封印的故事的后续。