主角本田吾郎的父亲本田茂治本来是职业棒球选手，自幼丧母，但是六岁时父亲在比赛中被乔吉普森(原译:约翰吉布森)的触身球击中头部而脑血肿而过世。其后吾郎的幼稚园老师星野桃子(茂治的女友)便收养吾郎，九岁时
2029年3月某日，某国大使馆遭到一群经大规模义体改造的武装分子的入侵，众多外国使节及其同侪眷属沦为人质，事态十万火急。草薙素子（坂本真绫配音）召集巴特（松田健一郎配音）、陀古萨（新垣樽助配音）等得力
这是一段攻壳机动队成立前夕鲜为人知而又影响深远的故事。2027年6月6日的一天，隶属陆军机密部队501机关的真室中佐（宫内敦士配音）在闹市街头被人杀害，此前他曾陷入军火买卖的贿赂丑闻不得脱身，他对死亡
