这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界
小智（松本莉香配音）来自真新镇，他的目标是要成为神奇宝贝顶级训练师。在即将展开训练师旅程的一天，因为迟到，他并没有拿到初始的小精灵。大木博士（石冢运昇配音）见状，便送了一只不愿进精灵球和非常调皮的皮卡
故事以池袋为舞台，讲述了澪虽然很在意青梅竹马的新，但却无法将自己的心情传达给他。某天和新吵架的澪为了和好在去他身边的途中遭遇了交通事故。当澪恢复意识的时候，那是一个从未见过的不可思议的世界…
娜美偶然得到一张珍兽岛的地图，据说那里埋藏着无价的宝藏，草帽海贼团的诸位不顾乔巴的阻拦，决定向这座小岛挺进。正在此时，海底火山爆发，将黄金梅利号抛向空中。机缘巧合，他们竟然被抛到了珍兽岛。这个小岛由会
