艾力克兄弟发现亚美斯多利斯最核心的腐败势力，这才知道幕后首脑竟与他们疏远的父亲有关。
21世纪初，日本生物科技高度发达，其所研制并独家垄断的生物机器人极大推进了时代的进步，但同时其潜在的危害性也不断受到世界各国的指摘。不满于其他国家对该技术限制的呼声，日本于2067年单方面退出联合国，
抵达中央市之后，爱力克兄弟得知有个连环杀人犯脱逃，已知的情报只有两项：他额头上有个X形伤疤，而且只对国家炼金术师出手。
落魄拳手丹下段平（香川照之饰）因欠债被黑社会追打，路人矢吹丈（山下智久饰）仗义出手，凭借出色的击打本能将黑社会击退。前科累累的孤儿矢吹丈因这次斗殴入监，段平十分欣赏丈的天赋，希望教授其拳击技术，然而只
悲伤的爱德华和阿尔冯斯两兄弟，试图利用炼金术中最大的禁忌——人体炼成术救活撒手人寰的母亲，谁知却遭遇巨大的灾难。失去身体的阿尔冯斯，其灵魂被封禁在铠甲中，爱德华则以自己的右臂和左脚为代价，迫使弟弟止步
